การทำงานของศูนย์ฯ เกษตร ตั้งอยู่บนหลักการที่ว่า “การอนุรักษ์ที่จะประสบความสำเร็จได้นั้น ย่อมเกิดจากระบบการศึกษาที่สอนให้นักเรียนตระหนักถึงความเสื่อมโทรมของสิ่งแวดล้อมที่มีอยู่ในปัจจุบันได้”
นอกจากนี้สิ่งแวดล้อมศึกษายังเน้นย้ำให้เรารู้ว่า มนุษย์ไม่ใช่สิ่งมีชีวิตที่ยืนอยู่อย่างโดดเดี่ยว หากแต่เป็นส่วนหนึ่งของระบบนิเวศทั้งระบบ ดังนั้นความเปลี่ยนแปลงทุกอย่างบนโลกใบนี้ล้วนส่งผลกระทบต่อสิ่งมีชีวิตทุกชนิดบนโลก เมื่อเยาวชนเกิดความตระหนักในคุณค่าของทรัพยากรธรรมชาติ ก็จะเกิดความกระตือรือร้นที่จะช่วยกันอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติมากขึ้นเช่นเดียวกัน
ดังนั้นศูนย์ศึกษาธรรมชาติและระบบนิเวศเกษตรจึงเสมือนหนึ่งเป็นตัวแทนของระบบนิเวศที่ราบลุ่มภาคกลาง ประกอบด้วยพื้นที่ซึ่งแสดงถึงความหลากหลายทางชีวภาพที่เหมาะต่อการจัดกิจกรรมเพื่อส่งเสริมการเรียนรู้วิถีชีวิตดั้งเดิม ประวัติศาสตร์ท้องถิ่น ความหลากหลายและความสวยงามทางธรรมชาติ การอนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศท้องถิ่น โดยการมีการเรียนรู้ที่ผ่านประสบการณ์จริง ใช้หลักสูตรที่ผสมผสานองค์ความรู้ภูมิปัญญาท้องถิ่น และการศึกษาวิจัยด้วยกระบวนการทางวิทยาศาสตร์
