ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2538 WWF ได้ก่อตั้งสำนักงานดำเนินการขึ้นในประเทศไทย และได้ริเริ่มโครงการต่างๆ ที่เกื้อกูลการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติขึ้น ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2548 WWF ประเทศไทยได้เป็นส่วนหนึ่งของ WWF Greater Mekong ซึ่งประกอบด้วย WWF กัมพูชา ลาว เวียดนาม และ ไทย

ด้วยจุดมุ่งหมายในการขยายขอบเขตความร่วมมือและการทำงานด้านอนุรักษ์ให้กว้างไกลครอบคลุมสู่ระดับภูมิภาค ซึ่งจะให้ความสำคัญต่อ 4 เขตภูมินิเวศที่ระบุไว้ใน WWF Global 200 อันประกอบด้วยเขตภูมินิเวศเทือกเขาตะนาวศรี-ถนนธงชัย ป่าดิบแล้งในลุ่มน้ำโขงตอนล่าง ลุ่มน้ำโขงทะเลอันดามัน ครอบคลุมประเด็นการอนุรักษ์ชนิดพันธุ์ที่อยู่ในสถานภาพเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ (Critical species) อนุรักษ์ระบบนิเวศที่สำคัญและมีความเปราะบาง (Critical places) การลดผลกระทบจากกิจกรรมของมนุษย์ที่ส่งผลต่อธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (Ecological Footprint) 

ทั้งนี้ WWF ประเทศไทย ยังให้ความสำคัญกับกระบวนการสิ่งแวดล้อมศึกษา และ การอบรมเพื่อพัฒนาศักยภาพ ซึ่งเป็นการสร้างรากฐานอันมั่นคงสำหรับการทำงานด้านอนุรักษ์อย่างมีประสิทธิผลด้วย