โครงการในปัจจุบัน

1. โครงการปรับปรุงการจัดการระบบนิเวศพื้นที่ชุ่มน้ำบึงโขงหลง น้ำเมา แม่น้ำสงคราม แม่น้ำโขง จังหวัดบึงกาฬและจังหวัดนครพนม (พ.ศ.2555-2560)
2. โครงการเสริมสร้างศักยภาพความเข้มแข็งและการมีส่วนร่วมของชุมชนเพื่อการจัดการทรัพยากรน้ำและฟื้นฟูระบบนิเวศพื้นที่ชุ่มน้ำแม่น้ำสงครามตอนล่าง จังหวัดนครพนม (พ.ศ.2557-2560)
3. โครงการร่วมจัดการทรัพยากรประมงระหว่างประเทศไทยและสปป.ลาว: เพื่อปรับปรุงเพิ่มปริมาณปลาและพัฒนาความเป็นอยู่ของชุมชนในแม่น้ำโขงตอนกลาง จังหวัดบึงกาฬและนครพนม (พ.ศ.2559-2562)

โครงการในอดีต

1. โครงการจัดการพื้นที่ชุ่มน้ำอย่างมีส่วนร่วมของชุมชนในประเทศไทยและลุ่มน้ำโขง จังหวัดบึงกาฬ (พ.ศ.2548-2552)
2. โครงการอนุรักษ์ปลาบึกแม่น้ำโขง จังหวัดเชียงราย และแขวงบ่อแก้ว สปป.ลาว (พ.ศ.2550-2554)
3. โครงการฟื้นฟูภูมิทัศน์ป่าไม้และคุณภาพชีวิตชุมชนลุ่มน้ำชี อำเภอมัญจาคีรี จังหวัดขอนแก่น (พ.ศ.2550-2554)
4. โครงการเสริมสร้างจิตสำนึกเพื่อการจัดการพื้นที่ชุ่มน้ำบึงโขงหลง จังหวัดบึงกาฬ (พ.ศ.2551-2554) 
5. โครงการพัฒนาศักยภาพชุมชนและความมั่นคงของระบบนิเวศโดยการเสริมสร้างความเข้มแข็งของการจัดการทรัพยากรน้ำแบบมีส่วนร่วมในระบบนิเวศพื้นที่ชุ่มน้ำเพื่อการรับมือและปรับตัวจากผลกระทบของการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศในพื้นที่ลุ่มน้ำชีและลุ่มน้ำสงคราม จังหวัดขอนแก่น (พ.ศ.2554-2557)